Οι σύμβουλοι Επικρατείας επισημαίνουν ακόμη, ότι οι ετερόδοξοι, αλλόθρησκοι ή άθεοι μαθητές έχουν δικαίωμα πλήρους απαλλαγής από το μάθημα με την υποβολή σχετικής δήλωσης, η οποία θα μπορούσε να γίνει με μόνη την επίκληση λόγων θρησκευτικής συνείδησης, η δε Πολιτεία οφείλει, εφόσον συγκεντρώνεται ικανός αριθμός μαθητών που απαλλάσσονται, να προβλέψει τη διδασκαλία ισότιμου μαθήματος προκειμένου να αποτραπεί ο κίνδυνος «ελεύθερης ώρας».
Στην προκειμένη περίπτωση, όμως, τα επίδικα προγράμματα σπουδών, σύμφωνα με το ΣτΕ, «όπως προκύπτει από τους σκοπούς και το περιεχόμενό τους, δεν αποβλέπουν στην ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης των Ορθόδοξων μαθητών, διότι τα μεν προγράμματα του Δημοτικού και του Γυμνασίου δεν περιέχουν ολοκληρωμένη -και διακριτή έναντι άλλων δογμάτων και θρησκειών- διδασκαλία των δογμάτων, ηθικών αξιών και παραδόσεων της ορθόδοξης εκκλησίας, το δε πρόγραμμα του Λυκείου είναι αποσυνδεδεμένο από τη διδασκαλία αυτή.
Αντιθέτως, δίδεται ιδιαίτερη έμφαση είτε στην προβολή στοιχείων κοινών με τη διδασκαλία άλλων δογμάτων και θρησκειών (Δημοτικό-Γυμνάσιο) είτε στη διδασκαλία διαφόρων ηθικών και κοινωνικών ζητημάτων, τα οποία είτε είναι αντικείμενο κυρίως άλλων μαθημάτων (Δημοτικό-Γυμνάσιο) είτε είναι άσχετα ή και αντίθετα με την ορθόδοξη χριστιανική διδασκαλία (Λύκειο).
Κατόπιν τούτων, κρίθηκε από τν Ολομέλεια του ΣτΕ ότι τα επίδικα προγράμματα σπουδών έρχονται σε αντίθεση με τα άρθρα 16 παρ.2 και 13 παρ.1 του Συντάγματος, με το άρθρο 2 του Πρώτου Πρόσθετου Πρωτοκόλλου της ΕΣΔΑ και με την αρχή της ισότητας (άρθρο 4 παρ. 1 του Συντάγματος, άρθρα 14 και 9 της ΕΣΔΑ).